1、疫苗選擇不當：

血清型差異：有些病原的血清型較多，免疫接種時無法選用與本地流行毒（菌）株相對應的血清型疫苗。如大腸桿菌有100多個血清型，并且不同血清型之間缺乏交叉免疫作用。因此用針對少數幾種血清型制成的疫苗并不能很好預防自然界流行的各種不同血清型引起的大腸桿菌病的發(fā)生。

2、使用非法疫苗：

經疫苗傳播的疾病很多，一旦使用非法產品，極易造成免疫失敗甚至外源病原微生物污染。

3、運輸儲存不當：

疫苗運輸、貯存不當，如光照太強，溫度過高或過低，超過有效期等都會導致疫苗的效價下降造成免疫效果不佳甚至失效。

4、疫苗使用不當：

（1）疫苗稀釋液使用不當：疫苗稀釋濃度不當；稀釋過程中混入配伍禁忌的藥物或其它疫苗；稀釋過的活疫苗沒有在規(guī)定時間內用完；

（2）疫苗使用劑量不當：劑量過低則效力不足，劑量過大則引起免疫耐受或不安全?？乖瓌┝吭酱?，所引起的免疫耐受越強越持久。

5、免疫接種過程中出現動物漏免。

6、毒（菌）株的變異、超強毒（菌）株的出現及感染與本地流行毒（菌）株不同或有別于疫苗株所保護的范圍都會引起免疫失敗。

科學免疫程序的制定，應建立在對當地疫病的流行情況、動物群的種類、生產情況及免疫抗體或母源抗體監(jiān)測等方面的調查研究基礎之上。制定適合本場特點的免疫程序，并非免疫的疫苗種類越多越好，免疫程序不能照抄照搬，要因地制宜。制定免疫程序時要著重考慮以下幾個因素。

1、母源抗體的影響：免疫接種的母畜/禽可經初乳或卵將母源抗體傳給下一代，使其得到被動保護，但母源抗體較高時免疫反而降低疫苗的效力，因此必須等母源抗體消退到一定的水平之后才能接種疫苗。

2、免疫間的相互干擾：將兩種或兩種以上無交叉反應的抗原同時免疫接種時，機體可能會對其中一種抗原的免疫應答降低，因此，為保證免疫效果，對當地比較流行的傳染病最好單獨接種，同時在產生免疫力之前不要接種對該疫苗有抑制作用的疫苗。

3、免疫間隔時間的確定：同一類疫苗經過二次或二次以上的免疫后，所產生的抗體維持時間較長，達到的抗體水平較高。重復免疫的時間間隔是根據抗體的維持時間來確定的。